もちろん日本でも有数の頭痛薬であるロキソニンですから、頭痛にはしっかりと効きます。私自身元々アスリートだったのですが、ありとあらゆるところの痛みをとってもらってました。

今更ながら本気で感謝しています。で、そのメカニズムを調べてみたのですが、公式ホームページで解説してくれていましたのでそのまま引用します。

痛み・発熱・炎症は、体内で産生されるプロスタグランジンによって発生します。
ロキソプロフェンは、アラキドン酸からプロスタグランジンを生成するシクロオキシゲナーゼという酵素を阻害。
プロスタグランジンの産生を抑制し、痛み・発熱・炎症の症状を抑えます。
ロキソプロフェンナトリウム水和物は上記の阻害作用にすぐれているため、高い解熱鎮痛効果を発揮します。

引用元：https://www.daiichisankyo-hc.co.jp/site_loxonin-s/naifuku/

とのこと。詳しくはロキソニンのホームページを見てくれればわかるのですが、要するに

「頭痛の痛みを発生させるものを阻害する」のに対し、花粉症から来る頭痛は「副鼻腔付近の炎症」なのであまり接点がないということです。